يكي از عوامل مهم كه  نفي فلسفه و جدايي فلسفه از دين، عرف متدينين است. اين عرف چون تفكرات فيلسوف را در قالب‌هاي سطحي خود ريخته و با شرع منطبق نمي‌يابد، با فيلسوف مخالفت مي‌ورزد.
به عبارت ديگر، عرف متدينين به حرف‌هاي فيلسوف نگاه مي‌كند و چون آن را نمي‌فهمد، تصور مي‌كند غيرديني است، چون تصور مي‌كند اگر ديني بود، به زبان مردم بود و آنچه را هم مي‌فهمد، با دين ناسازگار مي‌بيند.
به عنوان نمونه، مسأله خلق مادي از ديد فلسفه را اگر متوجه شود، مي‌گويد اين چيزهايي نيست كه در دين پيدا شود يا مثلاً عرف خدايي مي‌خواهد كه هر وقت ناله كرد، تحت تأثير قرار گيرد و مثلاً دعايش را مستجاب كند اما فيلسوف تأثير و تأثر را از خدا نفي مي‌كند.
اين عوامل سبب مي‌شوند كه بين دين و فلسفه يك نوع جدايي ايجاد شود. تنها راه حلش اين است كه عالمان ديني و فلسفه در مصاديق واحد مشترك شوند و وقتي اختلاف در ميان عالمان برطرف شد، به لحاظ فرهنگي هم با رشد و شكوفايي استعدادهاي جامعه مشكل حل خواهد شد و يا دست‌كم انصاف علمي وجود پيدا كند كه هر كس در محدوده‌ي تصور علمي خويش داوري كند نه بيشتر و اگر فهم كسي را به خلاف دين متهم مي‌كنيم، بدانيم كه اين اتهام مربوط به فهم ماست و نه بيشتر.